南宋绍兴年间的一天夜里，邓州秦府被盗了。在遗失的财物中，最重要的是一颗夜明珠，这是秦府主人秦明从他叔叔秦桧家偷来的。当初因为夜明珠丢失，皇上治了很多人的罪，但最后还是让秦明躲了过去。如今夜明珠在秦明家被盗，如果被查出来麻烦可就大了。

秦明很绝望，走投无路时，他想起了一件事，现任邓州知府宋清风当年因追查夜明珠不力，被贬邓州，他家有一只灵犬，只要将沾有疑犯味道的衣服，或是沾有丢失物品气味的东西让它嗅一下，它就能靠着遗留下的味道找到疑犯，秦明就准备去找宋清风借灵犬来寻宝。

秦明来到知府衙门时，衙门外正好有人在喊冤，他只好站在一旁等着。喊冤的是个老汉，老汉说昨天晚上，他带着女儿柳儿去赏花灯，回家途中遇到一恶少，将他女儿抢走了。他四处寻找，最后却在城隍庙找到了女儿的尸体。

宋清风听说发生命案后，立刻带上灵犬、衙役、仵作们匆匆赶往城隍庙。仵作检查了柳儿的遗体后，发现她衣衫不整，指甲缝中留有血迹，明显被玷污过。就在这时，在城隍庙外巡视的衙役大叫道：“大盗花无影！”这花无影在邓州专偷富商，宋清风正愁抓不到人，不承想花无影会自投罗网，花无影被衙役拿下，宋清风怀疑他和柳儿被杀有关，就押着人回衙门开始审问。

宋清风审问完花无影后才接见了秦明，秦明向他说明了借犬一事，宋清风本想拒绝，但想起审问花无影的过程后，还是决定将灵犬借给了秦明，并再三叮嘱他用完及时送还。

秦明回府后，立即将包着夜明珠的绸缎拿来给灵犬嗅了嗅，灵犬开始四处寻找。突然，灵犬狂吠一声，朝着府中一男子扑去，这男人吓得躲进一间屋子里，不肯出来。秦明往屋里一看，发现是自己的侄子秦钟，秦钟面色惊恐地躲在屋里，他身上穿的衣物十分凌乱，似乎还有撕扯过的痕迹，还沾有一些血迹。

秦明见状，立即联想到昨晚侄儿晚归，以及柳儿惨死一案，他顿觉不妙，厉声质问秦钟昨天晚上干啥去了。秦钟只得如实交代，承认柳儿是被他杀的，他哭着求秦明救他，只要弄死灵犬，宋清风就查不到他了。秦明叹了口气，答应下来，让人将灵犬关进了柴房。

一个时辰后，秦明端着一盆下了砒霜的肉骨头去了柴房，想要毒死灵犬。灵犬不光嗅觉灵敏，还很聪明，它嗅到肉骨头的气味不对，立即狂吠起来，然后倒在地上装起了死。片刻后，秦明回到柴房，看到灵犬已死，就将它送回知府衙门，对宋清风说灵犬发狂而死。宋清风很不高兴，他见爱犬身上没有任何伤痕，便说要验尸，让秦明等着。

过了许久后，秦明正等得不耐烦时，突然看见宋清风押着秦钟回来了，身旁跟着活蹦乱跳的灵犬。宋清风一声冷笑，立即将秦明押上大堂开始审讯。起初秦钟对杀害柳儿一事抵死不认，宋清风让带人证上堂，花无影被带上大堂，他说出了原委：昨天晚上，他外出偷盗归来，本想把赃物藏到城隍庙，忽然听到庙里有女子的哭泣声，他往里一看，只见一男子正对一女子行不轨之事，随后将那女子推倒撞死。花无影很愧疚没有及时制止，他被抓后，宋清风审问他时，他立刻供出罪犯的大致样貌，身边的仆从称呼他钟少爷。

宋清风当时就想到了秦钟，但苦于没有证据，不好直接去抓人，正好又遇到秦明来借灵犬，便借机试探一番，他知道灵犬遇到危险时会装死，当秦明将灵犬送还时，说灵犬发狂而死，宋清风立即觉察有异，便以验尸为由，让灵犬带着差役们去抓人，逮捕了秦钟。

秦明为了保下秦钟，扬言说要把状子告到京城。宋清风没有搭理他，冷静地说道：“柳儿指甲内有血渍，秦钟身上一定有伤。”他让衙役把秦钟的衣服扒下后，果然看到他身上还有几道尚未愈合的血痕，秦钟、秦明也没法再抵赖了。

宋清风将秦钟收监后，又带着衙役们去城隍庙内搜寻，果然搜到了那颗害他被贬官的夜明珠。他询问花无影后，确认夜明珠是从秦府盗出的，秦明得知夜明珠被找回，担心被皇帝追责，畏罪自杀了。